Tarımsal faaliyetlerden kaynaklı aşırı besin maddesi birikimi (ötrofikasyon), kimyasal kirlilik, istilacı türler, etkisiz atık su arıtımı, endüstriyel sıcak noktalar ve atmosferik çökelme, Karadeniz'in deniz ortamını tehdit eden ana etkenler arasında yer alıyor.
Kirlilik baskıları, deniz ve kıyı ekosistemlerinin yanında Karadeniz'i evi olarak adlandıran kişilerin geçim kaynaklarını da tehdit ediyor.